Säsong 3

Teamet gör sitt bästa för att komma över Kates plötsliga död. Samtidigt kämpar de för att samla bevis som kan fäll Ari innan han orsakar mer skada.

Gibbs som fortfarande inte kommit över Kates död blir ännu mer upprörd när Ari kidnappar Ducky.

Gibbs får i uppdrag att förhöra en fånge som precis ska avrättas i hopp om att få honom att berätta vart han gömt sina offer.

Teamet upptäcker att en sergeant från inbördeskriget begravdes levande.

Teamet kopplas in när en officer blir ihjälskjuten mitt på motorvägen.

En marinsoldats fru mördas live på Internet.

En sexårig pojke talar om för teamet att hans far som jobbat på ett topphemligt projekt blivit kidnappad.

När två lönnmördares kroppar hittas, antar Ziva och Tony de dödas identiteter för att kunna lista ut vem som anlitat dem från första början. Ziva och Tonys nära samarbete börjar hetta till.

Tony anklagas för att ha mördat en kvinna, vars kropp återfanns på Quantico och nu måste alla hjälpas åt för att rentvå honom, men alla möjliga bevis pekar på att Tony skulle vara den skyldiga.

När McGee dödar en man medan han är i tjänst och det visar sig vara en civilklädd polis, påbörjas en utredning mot honom. Nu måste NCIS bevisa att han är oskyldig och Jens och Gibbs förhållande sätts på prov.

En fotomodell dör under en TV-inspelning och NCIS måste ta reda på vem mördaren är. De upptäcker ett kärleksdrama mellan tre personer. Jenny blir irriterad på Gibbs när han inte vill gå på en fest som arrangerats i hans ära

Tony och Ziva försvinner under en vapensmugglingsutredning och NCIS-teamet får åka ut och leta efter dem. Abby försöker att hitta dem via deras GPS-chips men kan inte få kontakt.

Då den ansvarige för en last med atomvapen försvinner, kallas NCIS-teamet in. De måste klara upp saken så fort som möjligt så att kidnapparen inte hinner ta reda på var vapnen är.

NCIS-teamet utreder morden på två marinsoldaters fruar. De måste hitta mördarna innan de slår till igen.

NCIS-teamet hittar ett avhugget huvud på en olaglig bilskrot. Nu måste de hitta resten av kroppen för att kunna avslöja vem mördaren.

Teamet gör en utredning efter att en ambulans har exploderat. I ambulansen fanns liket av en marinsoldat. När man tog DNA-prover på liket visade sig proverna inte stämma med vad som förväntades.

Ett hundhalsband som tillhör en av soldaternas hundar, hittas i en skog och NCIS-teamet skickas för att undersöka saken. Men det visar sig vara en mycket allvarligare situation än de föreställt sig. En seriemördare kan vara på fri fot.

Teamet måste stoppa en student som hotar med att detonera en självmordsbomb.

En soldat hittas död i en frusen sjö. Nu måste teamet utreda vad som hänt. I sjön hittar de då ytterligare tre lik som en gång i tiden varit gängmedlemmar. Nu får de ta reda på vilka förbindelser soldaten hade med gänget.

Då en kryptograf från Pentagon hittas död, måste teamet komma på om hon i verkligheten var en spion. Hon var inte ensam när hon dog, så man tror att man kan utesluta självmord.

Abby håller på med en mordutredning tillsammans med de andra, men nu är hennes eget liv i fara.

NCIS-teamet måste beskydda Ziva när en misstänkt person dör medan denna är intagen. Det blir värre när den misstänktes bror, kidnappar Jenny och kräver att hans bror ska släppas i utbyte mot Jenny, då han inte vet att hans bror är död.

Gibbs blir allvarligt skadad i en explosion och hamnar på sjukhus. Han får tid att tänka på sin bakgrund som de andra inte vet något om. Resten av teamet jobbar vidare och Tony har nu tagit Gibbs plats, vilket leder till problem.

Teamet måste arbeta på utan Gibbs, men Gibbs är den enda som vet någonting om terroristernas plan, men han har problem att minnas vad som skedde innan explosionen.