Säsong 1

Jedimästare Yoda och tre klonsoldater – Jek, Thire och Rys – måste möta greve Dookus fruktade lönnmördare Ventress och hennes massiva droidarmé för att bevisa att jediriddarna är tillräckligt starka för att skydda en strategisk planet och skapa ett fördrag för Republiken.

En attack av ett nytt förödande separatistvapen – det kraftfulla rymdskeppet Malevolence – lämnar jedimästaren Plo Koon och hans klonsoldater i kamp för att överleva tills Anakin och Ahsoka kan hitta dem.

Med hjälp av sin padawan Ahsoka och jedimästare Plo Koon använder Anakin nya långräckviddiga Y-wing-bombplan för att leda en djärv attack mot general Grievous krigsskepp, Malevolence, och dess destruktiva vapen.

Padmé Amidala och C-3PO tas som gisslan av general Grievous, vilket lämnar Anakin och Obi-Wan för att rädda senatorn och fullborda förintelsen av Malevolence.

Ensamma på en avlägsen utpost måste klonofficerarna Rex och Cody inspirera sin rookie-enhet att tro på sig själva för att avvärja en droidkommandoinvasion.

R2-D2 går förlorad under en våldsam rymdstrid – och Anakin måste hitta honom innan separatisterna upptäcker jedins militära hemligheter som är inlåsta i hans minnesbanker.

Anakin, Ahsoka och ersättningsdroiden R3-S6 ger sig ut på ett räddnings- och sabotageuppdrag när de upptäcker att R2-D2 hålls kvar på General Grievous hemliga lyssningspost för fiender, Skytop Station.

På ett diplomatiskt uppdrag till planeten Rodia upptäcker Padmé att hennes gamla vän och senatorkollega Onaconda Farr har allierat sin planet med separatisterna. I utbyte mot mat och resurser till sitt folk tillfångatagar Onaconda Padmé och lovar att leverera henne till Nute Gunray. Jar Jar Binks anar att Padmé är i trubbel och förklär sig till en jedi, och med hjälp av C-3PO kämpar han modigt för att rädda sin vän och senatorkollega.

Ahsoka och jedimästaren Luminara eskorterar den tillfångatagne ökända separatistledaren Nute Gunray till Coruscant så att han kan ställas inför rätta för sina brott. De är dock inte medvetna om att greve Dooku har skickat sin lönnmördare, Asajj Ventress, för att befria deras fånge. Med hjälp av senatskommandon måste jedierna omintetgöra Ventress försök att befria sin fånge, trots senatsgardets kapten Argyus förrädiska planer.

Jedimästaren Kit Fisto och hans tidigare padawan, Mon Calamari-jedin Nahdar Vebb, har lyckats fly från fången Nute Gunray till en avlägsen värld. Jedi följer efter Nute in i en mystisk lya fylld med konstiga varelser, vapen och krigstidsföremål och upptäcker att det är General Grievous fällfyllda lya! Generalen får veta att greve Dooku har lett jedin dit för att straffa Grievous för hans senaste misslyckanden och är fast besluten att bevisa sina förmågor och förgöra jedin. Kit och Nahdar, tillsammans med en kontingent kloner, måste nu kämpa sig förbi Grievous och hans vårdnadshavare-droid A-4D för att undvika att bli fångade i Generalens onda klor för alltid.

Under sitt eget försök att kidnappa greve Dooku upptäcker Anakin och Obi-Wan att Sith Lord redan har tillfångatagits av pirater. Hondo Ohnaka och hans piratgäng håller Dooku fången i sin lya på Florrum och begär lösensumma. Det är upp till Anakin och Obi-Wan att se om erbjudandet är för bra för att vara sant.

Anakin och Obi-Wan har blivit lurade och hålls tillsammans med Greve Dooku hållna för lösensumma av piratchefen Hondo Ohnaka och hans nästkommanderande, Turk Falso. Medan Anakin, Obi-Wan och Dooku utan framgång försöker fly, skickar Republiken lösensumman via ett särskilt sändebud, inklusive representanten Jar Jar Binks. När Falso försöker stjäla lösensumman från sin chef genom att skjuta ner rymdfärjan, är de enda överlevande en grupp kloner och Jar Jar, som är den högst uppsatta officeren i livet, måste ta ansvar för uppdraget. Det blir en kapplöpning mot tiden när Jar Jar skyndar sig att leverera lösensumman för att ta vårdnaden om Dooku och rädda jediriddarna.

Anakin och Ahsoka anländer till en hård strid i luften för att hjälpa den belägrade jedigeneralen Aayla Secura. Anakin skadas allvarligt i striden. Aayla och Ahsoka, tillsammans med den nu sårade Anakin, Rex och de överlevande klonerna, kraschlandar på den okända gräsbevuxna planeten Maridun. Tvingad att lämna Anakin bakom sig för att rädda honom, lär Aayla Ahsoka varför jediriddarna inte har några personliga band. De tar sig till en Lurmen-by. Deras härskare, Tee Watt Kaa, förklarar att de är pacifister i detta krig och inte står på någon sida. Tveksam till att ha något att göra med jediriddarna, går Tee Watt Kaa med på att hjälpa till att rädda Anakins liv.

Lurmens ledare, Tee Watt Kaa, vägrar att skydda jediriddarna från ankommande separatiststyrkor, av rädsla för att en sådan handling i onödan skulle dra in hans neutrala folk i kriget. Ahsoka, Aayla, den sårade Anakin och resten av klonerna respekterar deras önskemål eftersom de inte vill äventyra byn med sin närvaro, så de måste retirera till planetens vildmark. Separatisten Neimoidian-generalen Lok Durd anländer för att testa ett förödande vapen som de planerar att använda mot Lurmen! I slutändan måste byborna bestämma sig för om de ska ge sig åt separatisterna eller slåss mot jediriddarna för att försvara sin by.

När de anländer till den öde isvärlden Orto Plutonia undersöker Anakin Skywalker och Obi-Wan Kenobi försvinnandet av en klonstyrka stationerad på en avlägsen utpost. Jedi, tillsammans med senator Riyo Chuchi och ordförande Cho från den närliggande månen Pantora, upptäcker snart att deras klonsoldater attackerades av en stam av lurviga infödingar kända som Talz. Talz är vildsinta bestridande krigare och mycket territoriella och vill bara bli lämnade ifred. Jedi lyckas förhandla fram fred med Talz-hövdingen Thi-Sen, när den girige ordförande Cho bryter den genom att insistera på att planeten och Talz är under hans makt. Den resulterande konflikten eskalerar till krig mellan de senatorledda klonerna och Talz, med Jedi i mitten.

Anakin Skywalker och Obi-Wan Kenobi leder Republikens styrkor i ett försök att besegra droidarméerna och befria planeten Christophsis från separatisternas belägring. När Republiken blir överfallna och tvingas retirera, blir det tydligt att någon mitt ibland dem har försatt dem i en fälla. Jedi-soldaterna tror att denna infiltration är en Sith-stödd operation och går bakom fiendens linjer för att utreda. Samtidigt ger sig Kapten Rex och Kommendör Cody ut för att avslöja förrädaren bland dem.

Republiken upptäcker ett separatistiskt biologiskt vapenlabb gömt på planeten Naboo. Istället för att vänta på hjälp utforskar Padmé labbet med Jar Jar. Anakin, Ahsoka, Rex och Obi-Wan anländer och följer efter henne. De upptäcker att senatorn hålls fången av den ondskefulla Dr. Nuvo Vindi. Den galna vetenskapsmannen har utvecklat ett dödligt virus för separatisterna. Vindi hotar att utlösa en bomb och släppa lös viruset!

Trots att labbet har stängts ner lyckas Dr. Vindi aktivera det fruktade Blue Shadow-viruset, vilket infekterar Ahsoka, Padmé och många klonsoldater. Pesten är dödlig inom 48 timmar. Anakin och Obi-Wan måste resa till den mystiska planeten Iego för att få tag på det enda kända motgiftet mot sjukdomen. Anakin och Obi-Wan anländer till den mystiska planeten och upptäcker att dess befolkning lever i rädsla för en mystisk kraft som har dödat allt som försöker lämna deras värld. Med hjälp av Jaybo Hood, en smart Iegoan-pojke, måste Anakin och Obi-Wan lösa planetens mysterium innan de kan lämna, och innan alla som är smittade med separatistviruset dör!

Ryloth, Twi'lek-folkets hemvärld, har utsatts för militär ockupation av separatisternas droidarmé och omringats av en blockad av handelsfederationens slagskepp. Medan Ahsoka inleder en överraskningsattack mot blockaden, lyder hon inte Anakins order och förlorar större delen av sin skvadron. Trots att hon är känslomässigt skakad av detta misslyckande, hjälper Anakin henne att lära sig att hålla ut och placerar henne i befälet för ytterligare en riskabel attack.

Med rymdblockaden runt Ryloth förstörd måste Obi-Wan Kenobi leda en liten klonstyrka in i en droidockuperad stad för att sabotera deras luftvärnskanoner. Obi-Wans uppdrag kompliceras när han får veta att stadens invånare används som levande sköldar. Ett par kloner i hans pluton skapar en osannolik vänskap med en flyktingflicka från Twi'lek, Numa, som har blivit föräldralös på grund av kriget. Genom sin relation med henne börjar klonerna förstå krigets verkliga kostnad...

Striden om Twi'leks hemplanet Ryloth rasar när Republiken försöker driva bort den ockuperande droidarmén ledd av separatistledaren Wat Tambor. Med sina styrkor tunna måste Mace Windu övertyga Twi'leks frihetskämpe Cham Syndulla att hjälpa honom att rädda huvudstaden från droidernas undergång. Inledningsvis tvekar Twi'lek-hjälten att hjälpa Mace, men inser slutligen att jedin kan litas på och ansluter sig till honom för att befria staden – och slutligen planeten – i den avgörande striden.

I ett försök att tvinga fram brottsherren Ziro the Hutts frigivning från fängelset tar prisjägare kontroll över senatsbyggnaden och håller senatsmedlemmar som gisslan. Cad Bane, operationens ledare, med hjälp av prisjägaren Aurra Sing, ställer sina krav till kansler Palpatine, som inte har något annat val än att tillmötesgå hans begäran. Utan jägarnas vetskap är jediriddaren Anakin Skywalker lös i senatsbyggnaden.