Säsong 2

Cad Bane har anlitats av Darth Sidious för att stjäla ett Jedi-holokron. Holokronerna – datalagringssystem som bara kan öppnas genom Kraften – är skyddade i ett valv inuti Jeditemplet. Bane rekryterar en byte som utger sig för att vara en Jedi i sin komplott, infiltrerar byggnadens säkerhetssystem och leder Anakin, Obi-Wan och Ahsoka på en jakt.

Anakin och Ahsoka reser till planeten Devaron för att jaga Cad Bane, som har stulit en Jedi-holocron. Bane har tillfångatagit Jedimästaren Bolla Ropal, väktare av Kyberkristallen, vilken kommer att avslöja data om alla kända Kraftkänsliga barn i galaxen när den kombineras med holocronen. Bane misslyckas med att tvinga Ropal att öppna holocronen och behöver en annan Jedi. För att tillfångata Ahsoka tvingar prisjägaren Anakin att öppna holocronen för att rädda sin Padawan. När holocronens hemligheter avslöjas försöker Bane fly, men verkar ha dödats av en klon. Anakin anar dock fortfarande Banes närvaro i Kraften...

Cad Bane har stulit en Jedi-holocron som innehåller de hemliga platserna för galaxens Kraftkänsliga barn. Bane får i uppdrag av Darth Sidious att kidnappa flera av barnen för att träna dem som Sith-spioner. Vid ett sådant kidnappningsförsök tillfångatas Bane av Anakin och Ahsoka och förs inför Obi-Wan och Mace Windu för att få hans sinne undersökt. Oförmögen att motstå Jedis kombinerade Kraftkrafter går Bane med på att leda Kenobi och Windu till hans gömda bas medan Anakin och Ahsoka vågar sig till Mustafar för att rädda de stulna barnen från Darth Sidious onda komplott.

Jedirådet misstänker att senator Rush Clovis, en delegat från InterGalactic Banking Clan och tidigare kollega till Padmé Amidala, kan arbeta för separatisterna. Mot Anakins vilja frågar rådet Padmé om hon vill följa med Rush till Cato Neimoidia för att avslöja eventuella ledtrådar om senatorns verkliga lojaliteter. Padmé håller med, eftersom hon känner att hennes tidigare förhållande med senatorn – som ett tag hade varit romantiskt tills hon avslutade det – kan ge henne en fördel i utredningen. För att avvärja Anakins svartsjuka, såväl som ett mordförsök av neimoianen Lott Dod, avslöjar Padmé framgångsrikt att Clovis konspirerar med separatisterna för att bygga en militär droidfabrik på Geonosis.

Anakin, Obi-wan och Ki-Adi-Mundi leder en invasion för att hindra Poggle den Lille och geonosianerna från att återuppbygga sin droidarmé. Det går fruktansvärt snett när geonosianernas styrkor skjuter ner republikens skepp, som kraschar ur kurs. Under ökande press att fullfölja sitt uppdrag har Anakin, Obi-Wan och Ki-Adi-Mundi var och en sina egna utmaningar att övervinna – horder av fiendens trupper, dödliga fällor, oförlåtande terräng och en massiv energisköld.

Anakin, Ahsoka, Luminara Unduli och hennes padawan, Barriss Offee, leder ett uppdrag för att förstöra en droidfabrik på Geonosis. Men Poggle den Lille har andra planer när han använder sitt nyaste vapen, de oförstörbara supertankarna. Desperata att slutföra sitt uppdrag innan gjuteriet kommer online, utarbetar jedierna en djärv plan där Anakin och Luminara kommer att agera som lockbeten och avleda supertankarna, medan Ahsoka och Barriss infiltrerar anläggningen via en labyrint av katakomber under staden. Planen är riskabel. Insatserna är höga. Det är deras enda alternativ, men är padawanerna redo för utmaningen?

Efter en strid för att förstöra en ny droidfabrik på Geonosis försvinner jedimästaren Luminara Unduli medan hon spårar Poggle den Lille. Obi-Wan och Anakin leder en pluton klonsoldater i jakt på henne. I hennes spår sjunker våra hjältar djupt ner i Karina den Storas lya. Till sin fasa får de veta att bikupan lever och vimlar av odöda försvarare. Tydligen kan Karina återuppliva och kontrollera sina undersåtar. Kommer Obi-Wan och Anakin att besegra Karinas odöda hord och hitta Luminara innan det är för sent?

Medicinska förnödenheter behövs desperat för en avgörande republikansk front. Medan jediriddarna transporterar Poggle den Lille som fånge till Coruscant, skickas padawanerna Barriss Offee och Ahsoka Tano ut för att eskortera den medicinska fregatten till dess destination. När geonosiska hjärnmaskar tar kontroll över klonsoldaterna ombord på deras försörjningsskepp, måste Ahsoka och Barriss kämpa för att stoppa skeppet från att släppa lös den dödliga pesten över galaxen.

Jedimästaren Eeth Koth tas som gisslan och torteras av general Grievous. Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi och Adi Gallia utarbetar en djärv räddningsplan, men de inser snart att generalen har en egen plan. Jedi-riddarna och separatistgeneralen försöker utmanövrera varandra i en strid mellan skepp och närstrid högt över planeten Saleucami.

General Grievous skjuts ner över Saleucami och kraschlandar i vildmarken. Obi-Wan leder en expedition för att hitta droidgeneralen. Rex skadas under sökandet och måste återhämta sig i en lokal bondes lada, men han blir chockad över att upptäcka att bonden är en klondesertör.

Under ett uppdrag i Coruscants underjord stjäl en listig ficktjuv Ahsokas ljussabel. Ahsoka tar hjälp av en uråldrig jedi, Tera Sinube, för att spåra hennes vapen och återta sin heder.

Alarmerande rykten om den fredliga hertiginnan Satine av Mandalore får Obi-Wan att undersöka den avskilda planeten. Satine vill hålla Mandalore neutral i klonkrigen, men handlingarna från en våldsam utbrytargrupp – Death Watch – hotar att driva planeten mot krig.

Hertiginnan Satine reser från Mandalore till Coruscant på ett diplomatiskt uppdrag, med Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker och ett team av soldater för att försvara henne. Medan hennes lyxiga rymdskepp, Coronet, tar sig fram genom hyperrymden måste jediriddarna stoppa flera mordförsök, och Anakin upptäcker att Obi-Wan och hertiginnan har en gemensam historia.

På Coruscant når hertiginnan Satine nyheten att Death Watch mobiliserar sig, vilket utlöser en förebyggande invasion av Republiken. På flykt undan Republikens myndigheter ger sig Satine och Obi-Wan av för att upptäcka gruppens verkliga motiv.

När senator Onaconda Farr dör under misstänkta omständigheter och den lokala inspektören verkar inkompetent, ger sig Padmé ut för att hitta personen som förgiftade hennes mentor. Efter en rad ledtrådar dyker Padmé och Bail Organa ner i en farlig värld av knivhugg, lögner och hemligheter som kontrolleras av de mäktiga senatorerna Mee Deechi och Halle Burtoni. Padmés sökande tvingar henne att riskera sin karriär och sina ideal, men lönnmördarens sanna identitet är ännu mer destruktiv än hon kan föreställa sig.

En separatistblockad omger Christophsis. Anakins flotta har i uppdrag att skicka hjälpförnödenheter till ytan, men de blir kraftigt övermannade och manövrerade av den skicklige amiralen Trench. Obi-Wan anländer och avslöjar republikens nya vapen: ett smygskepp. Smygskeppet är det sista hoppet att besegra den listiga separatistflottbefälhavaren och hjälpa Christophsis misshandlade folk.

Anakin, Obi-Wan och Ahsoka kraschar på Felucia och söker hjälp från de lokala kryddodlarna, bara för att upptäcka att det är bönderna som verkligen behöver det. Bönderna, som är omringade av Hondo Ohnaka och hans piratgäng som planerar att stjäla deras skörd, har anlitat fyra dödliga prisjägare för att skydda deras varor. I ett osannolikt partnerskap måste jediriddarna samarbeta med böndernas hyrda vapen för att slå tillbaka Hondo och hans banditer.

I desperat syfte att vända vågen i en hård strid mot Malastare och vinna en strategisk allians med Dugs, beordrar kansler Palpatine jediriddarna att släppa republikens nyaste supervapen, en oprövad elektroprotonbomb. Tyvärr väcker bombens explosion ett uråldrigt och skräckinjagande Zillo-odjur, ett monster av legendarisk storlek och grymhet. Nu måste jediriddarna hålla denna dödliga varelse innesluten trots inblandningen från de blodtörstiga Dugs, som har sin egen agenda.

På Palpatines order transporterar Republikens styrkor ett skräckinjagande Zillo-odjur tillbaka till Coruscant för vetenskapliga studier. Ivrig att utvinna odjurets hemligheter för militär vinning beordrar Palpatine sin ledande vetenskapsman att undersöka och därefter döda monstret. Fylld av smärta och ilska flyr Zillo-odjuret från labbet och börjar ödelägga staden. Snart blir Anakin, Padmé och Palpatine förföljda av odjuret medan jediriddarna kämpar för att hålla det inne.

Fast besluten att döda jedimästaren Mace Windu utger sig den unge Boba Fett för att vara en klonkadett och smyger ombord på en jedikryssare för att plantera en bomb i Windus kvarter. Men Bobas plan går snett när explosionen misslyckas med att döda Mace och plötsligt letar varje klon ombord efter sabotören. Boba förstör skeppets reaktor för att skapa en distraktion och snart börjar hela kryssaren falla sönder. Omedvetna om att Boba är boven i dramat räddar Bobas nya kadettkamrater hans liv, men är han för hämndlysten för att göra detsamma för dem?

Boba Fett och hans gäng av prisjägare leder Anakin och Mace in i en dödlig fälla på Vanqor. Det är upp till R2-D2 att resa tillbaka till Coruscant och varna jediriddarna för deras bröders fara. Den pålitliga droiden kämpar mot besten och prisjägare längs vägen och meddelar slutligen sin varning till Ahsoka och Plo Koon, som rusar till Vanqor för att rädda Mace och Anakin från en brinnande död.

Efter ett skändligt mordförsök på Anakin Skywalker och Mace Windu på Vanqor gömmer sig Boba Fett och Aurra Sing. Jedimästaren Plo Koon och Ahsoka Tano ger sig ut för att tillfångata prisjägarna. Medan de söker igenom de djupaste djupen av Coruscants underjord får Plo och Ahsoka äntligen veta att Fett och hans grupp gömmer sig på Florrum. I en dramatisk uppgörelse överges Fett av Aurra Sing, vilket lämnar den unge Boba arg och bitter i Republikens förvar.