Säsong 1

Stargateteamet upptäcker en fantastisk stad i en främmande galax. På den här platsen lever primitiva människor som diskrimineras av en utomjordisk ras.

Sheppard försöker samordna ett räddningsuppdrag för Summer. Wraith tar fast Teyla och de andra.

Teamet befinner sig i en dödlig situation då skeppet skadats. Om inte detta vore illa nog, försöker en utomjording mörda John Sheppard.

En utomjording är på väg till centrum, vilket påverkar hela basens säkerhet. Dr. McKay hamnar i trubbel på grund av sina experiment.

Teamet misstänker att det finns en spion bland dem. Och alla misstänker Athosians, vilket gör att Teyla känner sig kluven.

Teamet tvingas nödlanda på en planet där invånarna begår självmord innan de fyller 25 eftersom dem fruktar Wraith.

Teamet undersöker en farlig drog som utvecklats på en annan planet vars invånare är rädda inför framtiden. Ledaren för planeten berättar att de blivit attackerade vid ett tidigare tillfälle och att fienden utvecklat ett farligt kärnvapen som kan förgöra hela världen.

Teamet är i behov av mat och mellanlandar på en planet vars befolkning ser ut att vara enkla bönder. Men det visar sig att de utvecklat ett dödligt vapen.

Atlantisteamet gör upp en plan för att omvandla en planets unika atmosfär till energi som ska transporteras tillbaka till jorden. Men det blir ingen dans på rosor då några utomjordingar får nys om planen.

Stadens invånare evakueras då en farlig storm bryter ut. Och det blir ännu värre när Genii tillfångatar staden.

Stadens invånare tvingas evakueras då en stor storm bryter ut. Som om det inte vore illa nog så kapar Genii hela staden.

Forskaren Dr. Gaul har upptäckt en mystisk satellit på andra sidan solsystemet. Sheppard skickas för att utreda det hela tillsammans med Dr. Kay, Dr. Gaul och Dr. Abrahams. Väl där hittar de ett enormt stort objekt som är lika stort som Goa'ulds skepp.

Då stormen äntligen är över måste man noggrant inspektera eventuella skador. Det hela sker under ledning av Rodney McKay tillsammans med ett dussin forskare. Men två av forskarna, Wanger och Johnson, försvinner plötsligt. Lite senare hittas dem, men det är ingen trevlig syn.

Teamet utsätts för en dödlig attack då dem utforskar ett nytt solsystem vars befolkning tycks sakna teknologi.

En väldigt gammal kvinna dyker upp på Atlantis. Men teamet förvånas då det visar sig att kvinnan egentligen är Dr. Weir som rest tillbaka i tiden.

På planeten Dragan finns en viktig ZPM som kan skydda Atlantis från den fruktade gengångaren. Men planetens invånare tycks inte bara ha otroligt bra sammanhållning utan också stor kunskap om Genii vilket betyder att allting inte är som det verkar.

Det råder kris ombord på Atlantis. Trots att hjälp är på väg, saknas el i energireservoaret och frågan är hur länge teamet kan överleva. Dr. Weir, Dr. McKay och Maj Sheppard med flera diskuterar olika lösningar. McKay ser ut att ha en plan som kan fungera.

Teyla vaknar till en fruktansvärd överraskning: En Wrath, som placerat sin hand på hennes bröst, suger ut allt liv ur henne. Hursomhelst visar det sig att det bara är en mardröm. Men plötsligt förvandlas drömmen till verklighet.

Flera Wraith Hive skepp är på väg mot Atlantis och teamet försöker förstöra staden och fly. McKay, som leder teamet, vill aktivera en vapenplatform som försvar.

En ny militärkontakt är på väg mot Stargate för att ta kontroll över Atlantis och försvara staden från de dödliga Wraith attackerna.