Säsong 2

Jordens senaste försvarsskepp, som anländer under Major Caldwells styre, räddar Sheppard undan döden. McKay och hans team måste nu installera en ny zpm för att skydda Atlantis från fler attacker.

Daedalus har drabbats av ett farligt datorvirus. Dr. McKay och teamet försöker stoppa det, samtidigt som ett flertal av Atlantis medarbetare återvänder från jorden där Dr. Weir just fått kännedom om att Major Sheppard kommer sparkas.

Sheppard och teamet försöker lokalisera Ford med det slutar med att dem blir tillfångatagna av en ung man som jagas av Wraithen. Samtidigt besöker Lorne en främmande planet i sällskap av biologen Dr. Parish. Där hittar de en död Wraith - helt ovetande om att Ford befinner sig i närheten.

En farlig wraith, som strålar fram McKay och Laura Cadman, anländer då teamet besöker en främmande planet. Sheppard gör allt i sin makt för att avväpna monstret med vapen.

Renon Dex får veta att endast några få av hans landsmän överlevt Wraith-attacken, däribland hans militärlärare. Samtidigt, tar sig McKay an det riskfyllda uppdraget att avslöja hemligheterna bakom en forntida kraftkälla.

Då Sheppards team nödlandar på en planet visar det sig att wraitherna skickar sina brottslingar till samma plats.

Sheppard hamnar i fara då Dr. Becket skapat ett virus som omvandlar wraiths till människor. Teamet träffar en flicka som utsatts för det dödliga viruset.

Sheppard, som blivit utsatt för en farlig attack, förvandlas till en wraith. Teamet försöker rädda honom men det är inget lätt uppdrag.

Teamet stöter på ett forntida rymdskepp vid namn Aurora och får reda på att delar av besättningen fortfarande är vid liv.

Sheppards team blir överfallna och tillfångatagna av Ford, som nu är ledare för en grupp separatister. Ford vill att de ska hjälpa honom att ta över ett hotfullt moderskepp och håller flera i teamet som gisslan.

McKay försöker rädda Sheppard, Teyla och Ronon från det skepp som Ford hade för avsikt att förstöra.

Shepperd råkar komma bort från sitt team då han undersöker en forntida apparat. Doktor McKay försöker rädda Shepperd innan det är för sent.

SGC får veta att det finns en bomb ombord på Atlantis som kommer detonera när skeppet kontaktar jorden.

Dr. McKay är fångad under vattnet i en sjunkande Puddle Jumper och han måste förlita sig på Samantha Carter för sin överlevnad.

När teamet utforskar en främmande planet hittar man en stad som påminner om Atlantis. Planeten skyddas av en speciell teknologi som hindrar wraither från att skada befolkningen.

En löjtnant misstänker att han är en wraith, men förvandlats till människa med hjälp av Dr. Becketts nya drog.

Utomjordningar är ute efter att göra upp om en urgammal tvist genom att använda Weir och Sheppard som brickor i spelet.

När Atlantis-teamet får reda på att Genii utgör ett nytt hot, inser de att vapenvilan med en gammal fiende snart kan komma att ta slut.

Dr. McKay måste rädda teamet som fastnat på en planet med en jättevulkan. Det blick dock svårt att hitta en väg ut.

Atlantis slår sig ihop med en Wraith-trupp ledd av Michael, den Wraith de försökte förvandla till människa.