Säsong 3

Efter att alliansen med wraitherna slår slint måste teamet hitta ett sätt att hindra två svärmskepp från att nå jorden. Sheppard blir tvungen att lita på att Michael hjälper honom rädda McKay och Ronon som är tillfångatagna.

Efter att framgångsrikt ha använt retroviruset på ett helt svärmskepp med wraither som har förvandlats till människor, återvänder teamet till Atlantis med sina fångar i stasiskapslar. Weir får försvara sitt ledarskap i en granskning.

Teamet finner en liten by med en vördad ledare. Beckett blir snart så betagen av sin värd att han tar med honom till Atlantis. Men snart upptäcker McKay att Lucius använder sig av ett feromon för att tjusa alla runt omkring sig.

När teamet utforskar en by blir de plötsligt anfallna och tillfångatagna. Ronon har intet ont anande lockat dit wraitherna. Byborna friger Sheppard och Teyla som mobiliserar en anfallsstyrka. När de återvänder har byn ödelagts.

Dr McKay hittar en referens till en övergiven plats där teamet upptäcker en storstad med miljontals av de gamla. Weir är angelägen om att skapa en allians, men blir chockad när deras ledare Oberoth avböjer.

Weir vaknar upp på ett psykiatriskt sjukhus och blir chockad när hon inser att den två år långa vistelsen i Atlantis bara var en fantasi. Hon får veta att hon har varit med om en bilolycka där hon drabbades av en psykos.

Teamet kallas till en planet där de blir överfallna av Kolya som har startat en egen falang med geniianer. Alla i teamet lyckas fly utom Sheppard.

McKay kallas till jorden för att övertala sin syster, Jeannie Miller, att hjälpa flygvapnet. McKay och Jeannie reser till Atlantis och påbörjar experimentet som till en början är framgångsrikt, tills en McKay från ett parallellt universum dyker upp.

Major Leonards team hör inte av sig till Atlantis under ett uppdrag. McKay spårar energier för att hitta major Leonard och leder Atlantisteamet till en grotta där de upptäcker att en wraith-generator står bakom energivågorna.

De gamla träffar O'Neill och Woolsey och tackar dem för att de har tagit hand om staden, men ber dem att lämna Atlantis. Medan Ronon och Teyla befinner sig i Pegasusgalaxen försöker de andra att återgå till sina liv på jorden.

O'Neill och Woolsey, de enda överlevande efter replikatorernas våldsamma övertagande, gömmer sig i en övergiven del av staden. Eftersom Landry har fått order om att förstöra Atlantis vid minsta intrång, ligger de lågt och inväntar sina öden.

Teyla får uppenbarelser av de gamla som lider. Hon tror att det är spöken från replikatorernas senaste massaker. McKay tror att han har hittat valen som räddade honom för ett år sedan när han satt fast i en pölskyttel.

Teamet får höra talas om en mäktig krigare som har segrat över både geniianerna och wraitherna, och söker efter honom i hopp om att liera sig. Men när de får reda på att det är Lucius som är krigaren misstänker de att han har något i kikaren.

De gamla aktiverade sina system precis innan de blev dödade av replikatorerna och McKay blir av misstag träffad av en laserstråle från en mystisk apparat.

Lorne upptäcker en planet med många satelliter i omloppsbana runt den. Men invånarna har inte avancerat längre än till renässansen och har en flagga med McKays ansikte på. Teamet inser att ett spel de hittat tidigare kan vara mer än bara ett spel.

När McKay undersöker en övergiven rymdstation råkar han väcka en vetenskapsman i en stasiskapsel. Vetenskapsmannen förklarar att stationen var ett sista försök att undvika wraithernas upprepade skördande av hans folk.

Hela staden har beordrats att ta en dag ledigt och teamet gör sitt bästa för att koppla av och njuta av lite fritid. Utan förvarning lamslås staden av en explosion som dödar och skadar intet ont anande medborgare.

Teamet söker igenom havet efter en rörlig geotermisk borrningsstation som de gamla har lämnat inaktiv. Med försiktighet utforskar de stationen när Teyla plötsligt känner av en wraiths närvaro. Men Weir manar dem att fortsätta.

Efter att ha omflyttat tarananerna inser Atlantisteamet att de inte har hört från dem på väldigt länge. Det ser ut som att tarananerna bara har övergivit sin by, tills KcKay upptäcker livstecken långt ner under jordytan.

Teamet blir chockade när en satellit med en stjärnport plötsligt går i omlopp ovanför Atlantis. När stjärnporten attackerar staden med en energistråle, gör McKay som de gamla och väljer att sänka Atlantis tillbaka ner i djupet.