Säsong 4

Rodney McKay tvingas stänga av alla oväsentliga system när Atlantis stängs ned på grund av ett fel i strömsystemet. Men inom 28 timmar inser McKay att stadens sköldar kanske inte håller och att dess invånare riskerar att sugas in i rymdens vakuum.

Överstelöjtnant Sheppard leder en riskfylld räd för att säkra en nollpunktsmodul som kan rädda Atlantis. Replikatorerna får nys om intrånget i sin stad och Sheppards team måste hålla dem borta för att inte behöva överge uppdraget.

Ronon återförenas med en grupp satedaner som ansluter sig till Atlantisteamet för att stötta dem i ett farligt uppdrag mot wraitherna. Efter att Atlantisteamet tas till fånga slås Ronon av sanningen om sina gamla vänners nya lojaliteter.

Under en upptäcktsfärd på en djungelplanet rör Sheppard en lysande kristall och blir värd till en smittsam energi. När alla är tillbaka på Atlantis börjar den okända livsformen röra sig mellan olika personer och blir en fara för hela besättningen.

På väg tillbaka till Atlantis tas överstelöjtnant Sheppard till fånga av ett främmande skepp med en mänsklig befälhavare som har en hemlig agenda. Teamet letar efter Sheppard medan hans rådighet sätts på prov när han försöker hålla sig vid liv.

Atlantis drabbas av ett virus som orsakar minnesförlust vilket leder till att McKay vaknar upp en dag utan att veta vem han är. Han har dock spelat in en video till sig själv innan han smittades, vilket leder honom till att försöka lösa mysteriet.

Teyla och dr Keller landar på New Athos för en natts övernattning men upptäcker att hela bebyggelsen är övergiven. Duon måste undvika att tillfångatas av krigarklanen Bola Kai tills att Atlantis skickar ut en patrull som kan rädda dem.

Efter att fortfarande inte hittat nåt spår av athosianerna ber Teyla om att få träffa siaren Davos som kanske kan hjälpa henne att hitta sitt folk. På Atlantis anländer agent Woolsey för att granska överste Carter.

Efter att ha jobbat oändliga timmar på replikator-koden erkänner dr McKay att han behöver hjälp från sin syster Jeanie. När det visar sig att hon har försvunnit åker dr McKay till jorden för att hitta henne och hennes kidnappare.

Dr McKay försöker förstå sig på varför stjärnporten inte funkar medan en mystisk sond störtar ned i staden. McKay hinner få en skymt av nanitkod när han undersöker sonden innan hans diagnostiska program kraschar och hans data är förlorad.

Atlantisteamet beger sig ut för att spåra och förgöra replikatorerna en gång för alla. Teamet tvingas därför att evakuera alla människokolonier som råkar korsa replikatorernas väg.

Atlantis långdistanssensorer plockar upp signaler från en subrymdspårare som liknar den dr McKay har. Teamet följer signalen som leder dem till ett förstört svärmskepp. Bland skeppets dokument hittar de omnämnandet av en hemlig wraithbas.

Ett alarm går igång och McKay misstänker att en smittsjuka har triggat igång stadens skyddssystem. Många av stadens centrala system påverkas vilket gör att Atlantisteamet hamnar i stadens olika hörn och vrår utan en utväg.

För att upprätthålla diplomatiska relationer med den unga prinsessan Harmony följer Sheppard och McKay med henne på hennes obligatoriska övergångsrit. De är dock helt ovetandes om att hon har fiender och bristfälliga egenskaper.

Överstelöjtnant John Sheppard återvänder till jorden efter att ha fått reda på att hans far har gått bort. När han väl är där dras han in i ett farligt experiment som har gått snett – en replikator i mänsklig form går lös och måste fångas.

Under ett uppdrag i en by ute i galaxen som har skakats om av kraftiga skalv fastnar överste Samantha Carter, dr McKay och dr Keller i ett slukhål. Men varje försök till att ta sig därifrån försätter dem i ännu mer fara.

Tillsynsrådet ber mr Coolidge att fråga ut Teyla Emmagan och Ronon Dex om hur lämpligt det är för dem att fortsätta med Atlantisexpeditionen. Dessvärre har wraitherna planerat en invasion av Midwaystationen som snart ska påbörjas.

Teyla är fast besluten att hitta de försvunna athosianerna och övertalar Sheppard att följa med henne på en resa för att leta efter svar. Deras fynd leder dem till en förbluffande upptäckt ingen av dem hade kunnat förvänta sig.

Efter en oförutsedd återvändning berättar dr Carson att han har hållits fånge. Telya återförenas med några försvunna athosianer och börjar smida en plan för att hjälpa dem att fly, förutsatt att hon hinner hitta alla innan det är för sent.

Efter ännu en misslyckad sökinsats för att hitta Teyla återvänder överstelöjtnant Sheppard till Atlantis och känner av att nåt inte stämmer – staden är övergiven. Nu måste McKay vrida tillbaka en framtid som har gått förfärligt snett.