Säsong 5

Sheppard och Ronon fastnar under en kollapsad byggnad medan McKay och Lorne fastnar under andra rasmassor. Michaels flaggskepp sätter kurs mot den raserade byggnaden samtidigt som Carter påbörjar ett räddningsuppdrag. Vem kommer nå dem först?

Dr Keller dyker inte upp till jobbet för sitt jobb och hennes team hittar henne medvetslös i sitt rum. Situationen i Atlantis håller på att eskalera, vilket leder Woolsey till att behöva göra ett val som kan kosta Keller livet.

Under ett uppdrag ute i galaxen tillfångatas Ronon av sin före detta vän, Tyre. Ronon överlåts till wraitherna där han utsätts för en mycket svår prövning, medan hans vänner gör allt de kan för att kunna spåra honom.

Ett tekniskt fel på ett mystiskt daedalusskepp skickar Atlantisteamet ut i olika parallella universum där de stöter på lömska utomjordiska livsformer, en brinnande sol och ett rymdkrig.

Efter flera avvikelser och strömavbrott tvingas Atlantisteamet att välja mellan pest eller kolera: Antingen släpper de lös en mystisk varelse eller så ser de på medan den förstör hela stadens tekniska infrastruktur.

McKay blir plötsligt svårt sjuk på ett flyg tillbaka till Atlantis. Läget blir så illa att läkaren kallar på McKays syster så att hon kan säga farväl, men Ronan berättar om en helgedom som kan ge McKay chansen att vara sig själv igen i en sista dag.

Dr Beckett blir ombedd att skjuta fram sin avfärd från Atlantis när det blir känt att major Anne Teldy och hennes team har råkat hitta en av Michaels övergivna laboratorium inuti en underjordisk gravkammare.

Keller och Atlantisteamet träffar wraithen Todd för att förmedla ett förbluffande förslag. Keller tror sig ha hittat ett botemedel för wraithernas behov av att äta människokött men hon behöver en nån att testa sin behandling på.

McKay och Ronon ska hjälpa dr Keller med en medicinsk undersökning på en annan planet men hon syns inte till i byn de befinner sig i. De överraskas av att höra att hon bara hade gått lite tidigare, för de hittar absolut inga spår av henne.

SG-1:s dr Daniel Jackson reser till Atlantis när hans forskning visar på att en gammal rebellforskare vid namn Janus kanske har ett hemligt laboratorium nånstans i staden.

Jackson och McKay aktiverar en uråldrig apparat som är designad till att tillintetgöra wraither. När de gör det inser de varför apparaten faktiskt övergavs. Samtidigt fortsätter Todd att hålla Daedalusbesättningen till fånga.

Överstelöjtnant Sheppard och hans team spårar dr Carson Beckett till en utomjordisk planet där han behandlar folk som har överlevt hoffanpesten. Samma kväll anländer en grupp wraither vilket hotar alla på planeten.

En ny galaktisk koalition bjuder in överstelöjtnant Sheppard och hans team för att representera Atlantis på deras nästa möte. När teamet anländer till möte blir de anhållna och åtalas för brott mot mänskligheten.

Hela Atlantis täcks plötsligt av mörker förutom den högsta delen av det centrala tornet i staden. Sheppard och McKay försöker to sig till den högsta våningen i tornet och de upptäcker att ett kraftfält hindrar dem från att ta sig in.

Richard Woolsey kämpar med att behålla sin position som Atlantis ledare medan McKay och Zelenka undersöker ett nytt fynd. Sheppard tas till fånga av en gammal fiende som har planer på att invadera staden.

Atlantisteamet får två veckors semester i vilket dr Rodney McKay motvilligt går på en vetenskaplig demonstration som ska visa hur man tacklar den globala uppvärmningen efter att ha fått en inbjudan från sin före detta rival, Malcolm Tunney.

Ett wraith-svärmskepp närmar sig Atlantis och det visar sig att större delen av besättningen sover djupt, utan att vakna. Ett tekniskt fel på skeppet släpper lös resten av besättningen som har börjat äta upp varandra för att stilla hungern.

Dr Jennifer Keller undersöks efter att hennes märkliga beteende uppmärksammas, men inget av provresultaten tyder på nåt avvikande. Men McKay misstänker att Keller och Neela Casol, en ökänd brottsling, har bytt medvetande med varandra.

I ett parallellt universum jobbar detektiv John Sheppard för Las Vegas polisstyrka och utreder flera mordfall som man tror har begåtts av en bisarr seriemördare. Har hela livet förändrats, eller är detta en farlig komplott utförd av wraitherna?

Svärmskeppet försvinner från Atlantis men teamet snappar upp en subrymdssignal skrivet i wraith-kod. Efter att ha dechiffrerat koden förverkligas deras värsta rädslor. Meddelandet innehåller bekanta koordinater – svärmskeppet åker mot jorden.