Säsong 1

När en militär forskningsstation attackeras, flyr en liten grupp civila samt militärpersonal ombord på ett skepp i yttre rymden. Men det råder oenighet mellan de som vill återvända till Jorden och de som vill stanna kvar ombord på Destiny.

Efter att i hemlighet ha kontaktat Homeworld Command, hävdar Dr. Rush Robert Carlyle att han fått order om att leda gruppen av general O’Neill Richard Dean Anderson och att de inte kan återvända till Jorden. Men han blir snart ifrågasatt.

När lufttillförseln börjar sina på Destiny, ger sig ett team iväg till en ökenplanet i jakt på en mineral som kan rena skeppets luft. Medan teamet kämpar för att finna den livsnödvändiga mineralen, har de andra en annan plan.

Besättningen har jobbat hela natten med att ta reda på varför skeppets energireserver är oroande låga. Men när Destinys flygbana mot ett solsystem avslöjar tre planeter, hoppas hela besättningen på att en av den är beboelig.

Det saknas fortfarande energi och man tänker överge skeppet i den sista fungerande skytteln i jakt på en ny beboelig planet. Men lyckan blir kortlivad när man lottar om vilka som får åka och vilka som stannar.

Trots hård ransonering och bevakning dygnet runt fortsätter vattenreserverna på Destiny att sina. Dr. Nicholas Rush har ingen förklaring till detta bakslag, men ska de överleva måste de snabbt hitta en ny vattenkälla.

När situationen på Destiny blivit allvarlig, beordrar General O’Neill Richard Dean Anderson och Homeworld Command, överste Young att avbryta en riskabel plan som teoretiskt sätt kan skicka tillbaka teamet till Jorden.

Efter en överraskande upptäckt på en djungelplanet blir några i besättningen sjuka. I ett försök att isolera smittan slår gruppen läger i djungeln. Men när skymningen faller blir sjukdomen deras minsta bekymmer.

Med hjälp av kommunikationsstenarna använder löjtnant Scott och Camile Wray sin tid på Jorden för att besöka de som lämnats kvar. Ombord på Destiny hittar besättningen en bit gammal teknologi med löften om en väg tillbaka.

Alla blir chockade när en besättningsmedlem hittas skjuten till döds. Det liknar ett självmord, men vapnet går inte att hitta förrän det dyker upp i överste Youngs Louis Ferreira rum och han blir huvudmisstänkt.

En utomjordisk farkost dyker upp och anfaller Destiny och tillfångatar Chloe. Överste Young måste återigen använda stenarna för att ta sig ombord på skeppet och rädda henne. Men han inser snabbt att Chloe inte är den enda fången ombord.

Överste Young och löjtnant Scott misstänker att det finns en spårningsapparat ombord på Destiny och letar igenom skeppets skrov. Under tiden tar sig en grupp ombord på skeppet och inleder ett myteri som får allvarliga konsekvenser.

Sinande förråd, trista rutiner och låg moral fortsätter att plåga Destinys besättning när skeppet lämnar FTL och tar sig in i en outforskad stjärnas omloppsbana. Men för första gången aktiveras inte nedräkningen.

Dr. Rush trotsar order och kopplar upp sig mot Destinys dator via den neurala programstolen. Han hoppas kunna få fram koden för att kontrollera Destinys flygbana. Överste Young kämpar med att behöva låta Dr. Rush riskera sitt liv.

Några i Destinys besättning fastar under ruinerna av en underjordisk labyrint när skeppet hoppar tillbaks till FTL. Situationen blir allt mer desperat när Dr. Rush Robert Carlyle får veta att Destiny snart lämnar galaxen.

Med besättningen strandad fortsätter Destiny sin resa från nuvarande galax till nästa. Oförmögna att kunna ändra skeppets kurs, beräknar Dr. Rush att Destiny inte klarar att ta sig till nästa galax, vilket skulle göra dem strandade för alltid.

Några besättningsmedlemmar börjar få verkligt skrämmande hallucinationer. När det börjar sprida sig till andra i besättningen måste Dr. Johansen Alaina Huffman finna orsaken innan någon dör.

Efter en hemsk mardröm misstänker Dr. Rush att Telford kan vara en av Lucian Alliance spioner. Rush anförtror överste Young som misstänker att en kvarvarande minnesöverlappning vid doktorns byte med överste Telford kan vara orsaken.

När överste Telford avslöjar att Destiny är på väg att bli bordade av Lucian Alliance, inleder de ett anfall mot deras hemliga bas. Samtidigt tvingar Lucian Alliance Dr. Rush att hjälpa dem att iscensätta ett anfall mot Destiny.

Medan Young och Camille försöker lösa gisslankrisen med Kiva, lider Destiny av strömförsörjningsfluktuationer och strömavbrott på grund av sin närhet till en binär pulsar.