Säsong 2

När överste Young och hans militärer tillfångatagits av Lucian Alliance, överger Dannic dem på en närliggande planet. På skeppet försöker sig Dr. Rush, Brody, Chloe och Eli på en riskfylld plan för att tvinga alliansen att ge upp.

När mat- och vattenförsöljningen börjar sina lyckas Dr. Rush hitta en planet inom räckhåll som verkar livskraftig. Men den går bara att nå med skyttel. När de närmar sig planeten råkar de ut för våldsam turbulens och blir tvungna att kraschlanda.

Destiny är på kollisionskurs med ett gammalt skepp som flyter runt i rymden. Panik förvandlas till förundran när skeppen dockar. Besättningen upptäcker att de kan ha nyckeln till en koppling tillbaka till Jorden och andra dolda hemligheter.

På Destiny har Chloes beteende skapat oro och Scott gör en chockerande upptäckt när han letar igenom hennes rum - en journal med utomjordisk skrift. Han visar den för Young och Rush som beslutar att de måste hålla ett vakande öga på Chloe.

Medan de utforskar en ny planet blir löjtnant Scott attackerad av en aggressiv växtliknande varelse som infekterar honom. Det ser mörkt ut för Scott och Tamara som måste hitta ett sätt att stoppa infektionen medan fler varelser tar sig in.

Överste Young Louis Ferreira plågas av återkommande syner där Destiny attackeras och förstörs av utomjordingar. Efter att ha varnat bestättningen, känner han att han håller på bli galen och ifrågasätter sin kompetens som ledare.

När Destiny närmar sig ett svårt skadat skepp, bestämmer sig Dr. Rush och överste Young att göra en farlig expedition till skeppet i rymddräkter. Men oväntade händelser gör att Dr. Rush och överste Young blir strandade på skeppet.

Fången Simeon flyr och en jakt inleds på en avlägsen planet. Men Homeworld Command beordrar att han måste fångas levande i tron om att han sitter på värdefull information. Simeon måste föras tillbaka till Destiny innan han dödar eller blir dödad.

Utan att veta hur de tog sig till Destiny återvänder besättningen som lämnades kvar ett år tidigare under mystiska omständigheter. Efter en viss förvirring visar sig minnena som rörts upp genom regressionsterapi vara katastrofala för återvändarna.

I hopp om att finna något som gynnar dem följer besättningen en energisignatur till ett mystiskt hav med livlösa rymdskepp. Utan några synliga tecken på fara ger sig besättningen iväg för att titta närmare. Men saker är inte vad de framstår som.

Låsta i en strid med ett drönar-ledningsfartyg, överraskas Destiny av att utomjordingarna som förde bort Dr. Rush och Chloe anländer. När Destinys position avslöjats utsätts besättningen återigen för tuffa angrepp, men denna gång har de en plan.

Besättningen på skeppet blir uppspelta, då Eli tror sig ha hittat ett sätt att kontakta Jorden. Men Dr. Rush har allvarliga invändningar mot att överge Destiny och när besättningen får ett nödanrop kan det komma att ändra Destinys planer.

Greer och Wray fastnar mitt i ett anfall när ett utomjordiskt skepp med en radioaktiv bomb kraschar in i Homeworld Command. Samtidigt upptäcker Dr. Rush Robert Carlyle att alla inte vill ha tillbaka Greer och Wray ombord på Destiny.

Uppkopplade mot stenarna i ett försök att kontakta Homeworld Command, vaknar Chloe med Ginns medvetande. Eli måste hitta ett sätt att skydda Chloe utan att förlora Ginn. Samtidigt måste Volker genomgå en svår operation om han ska överleva.

Ledningen för Homeworld Command försöker övertyga en misstänkt infiltratör från Lucian Alliance om att få ladda upp sig på deras planet och kontakta Destiny. Samtidigt blir Dr. Rush instängd i en simulering skapad av Amanda Perry.

När de utforskar en planet blir besättningen anfallna och tillfångatagna av en utomjording. De måste nu vända sig till Varro och hans lucianska team för att få hjälp. På Destiny råkar Eli och Brody låsa in Brody i en kryogen apparat av misstag.

Destiny hittar överlevare under en interplanetär expedition som påstår att deras civilisation Novus grundades 2,000 år tidigare av Destinys besättning. Plötsligt blir de attackerade av drönarna som hittat ett sätt att spåra Destiny.

När de hjälper nybyggarna tillbaka till sin hemplanet Novus, upptäcker Destinys besättning att planeten övergivits och är på väg att utplånas. Medan de går igenom ett underjordiskt arkiv får besättningen reda på mer om Novus verkliga ursprung.

Destiny försöker ladda om i en stjärna, men störs av anfallande drönare. Eli föreslår att de ska ladda om i en blå jätte, en stjärna så varm att den kan förstöra farkosten så vida inte någon stannar ombord och styr den manuellt.

Efter en strid måste Destiny ta sig till nästa galax för att överleva och besättningen återvänder till Jorden för att ta farväl innan avresan. Men ett riskfyllt stopp kan äventyra hela planen.