Säsong 1

Chefen för FBI:s kontraterrorism-förband, John O'Neill, bjuder in den nya muslimsk-amerikanska agenten Ali Soufan till sin enhet. Under deras försök att få information från CIA, inser de snart att deras jobb endast har börjat då två amerikanska ambassader blir bombade.

Efter de två bombningarna i Kenya och Tanzania påbörjar FBI en utredning medan CIA lägger upp en vedergällningsplan.

FBI hittar en av de överlevande terroristerna och upptäckernya spår i Nairobi medan CIA:s vedergällningsplan blir godkänd.

Schmidt blir sparkad från Alec Station efter att ha hållit information från FBI. Diane gör en viktig upptäckt om ägaren till telefonnumret som Owhali gav Chesney. O'Neill söker tröst i sin tro medan både hans privatliv och arbetsliv rasar ihop.

CIA och FBI är på högsta beredskap när det nya årtusendet väntar. O'Neill och Soufan genomför en räd på en AQ-cell i Brooklyn. CIA fortsätter att undanhålla viktig information från FBI medan de spårar misstänkta individer som anländer till USA.

Vince fortsätter att be om tillåtelse att berätta om Mihdhars visum för FBI. O'Neill tappar sin väska och en utredning om hans hantering av viktigt material påbörjas. En pojke, radikaliserad av CIA:s vedergällningsattack som dödade hans vän, reser till Jemen för att påbörja sin egen martyrresa.

O'Neill och Soufan reser till Jemen för att påbörja utredningen av bombningen av U.S.S. Cole. FBI får höra om ett möte i Malaysia och Khallad, utan vetskap om att CIA har vetat om båda mötena i flera månader.

Alla försöker att vänja sig med den nya presidenten och skiftet i hotprioriteringen. Soufan får veta betydelsen av Usama bin Ladins livvakt och nekas tillträde till honom. O'Neill nekas återinträde till Jemen och tvingas att säga upp sig. Terroristernas handläggare i USA tappar bort terroristerna Hazmi, Mihdhar och Atta.

CIA får veta att Hazmi och Mihdhar är borta och måste lita på FBI. O'Neill accepterar jobbet som säkerhetschef på World Trade Center. Soufan skickas tillbaka till Jemen. Hazmi, Mihdhar och Atta reser till Vegas för en sista njutning

11 september, 2001, och ingen kan få tag på O'Neill. Soufans evakuering från Jemen tar ett abrupt stopp när stationschefen för CIA ger honom alla svar han har frågat CIA om i månader. Schmidt får tillbaka jobbet på Alec Station. Soufan förhör äntligen Abu Jandal.